Innovatsiooniosakute programmi peamiseks eesmärgiks on tihendada ettevõtjate koostööd ettevõtteväliste innovatsioonipartneritega. Innovatsiooniosaku näol on tegemist rahalise toetusega, mis võimaldab väike ja keskmise suurusega ettevõtetel teha koostööd kõrgkoolide, katselaborite või intellektuaalomandi ekspertidega, et uurida innovaatilisi lahendusi arengutakistustele, katsetada uusi materjale, koguda teadmisi tehnoloogiate kohta, teha uuringuid intellektuaalomandi andmebaasides jpm. 2009. aastal MKM-i ja EAS-i poolt käivitatud 15 miljoni kroonise eelarvega innovatsiooniosakute pilootprogramm osutus Eesti väike- ja keskmise suurusega ettevõtete (VKE-de) seas üle ootuste populaarseks. Aasta jooksul tehti 50 000-krooniseid üksitaotlusi või 200 000-krooniseid ühistaotlusi osakutele 248 korral, millest tänaseks on rahuldatud 194 taotlust summas 11,3 miljonit krooni. Kokku on praeguseks lõpetatud 115 projekti.

Enim on innovatsiooniosakuid taotlenud ettevõtjatele pakkunud huvi toote või teenuse arenduse alased konsultatsioonid ekspertidega erinevatest teadus- ja arendusasutustest, mis oli ka innovatsiooniosaku fookus. Samuti on aktiivselt kasutatud innovatsiooniosakuid intellektuaalomandi kaitse alasel nõustamisel ja kaitsestrateegiate arendamisel. Majandus- ja kommunikatsiooniminister Juhan Parts kiitis reedel heaks ettepaneku jätkata innovatsiooniosakute toetusmeetme programmi kuni aastani 2013 ning lisada eelarvesse täiendavad 30 miljonit krooni.

EAS-i poolt läbi viidud programmi tagasiside uuringust selgub, et innovatsiooniosakute programmi peavad edukaks nii ettevõtjad kui ka kõrgkoolid ja teised innovatsioonipartnerid.

Enim projekte on läbi viidud Tallinna Tehnikaülikoolis (53), järgnevad Tartu Ülikool (46) ja Tallinna Ülikool (43). Patendivolinikest on enim innovatsiooniosaku projekte läbi viinud Patendibüroo Koppel (13).